Actividad comercial en la época colonial de Honduras
La derrota de Lempira, el establecimiento del obispado, por primera vez en Trujillo y después en Comayagua, así como el fin de la lucha entre las facciones rivales españolas, contribuyeron a la colonización y al aumento de la actividad económica de Honduras, en la década de 1540. Se desarrollaron en el país una variedad de actividades agrícolas, incluyendo la cría de ganado y, por un tiempo, la recolección de grandes cantidades de zarzaparrilla. Pero la actividad económica más importante de Honduras del siglo XVI fue la exportación de oro y plata.
La actividad minera le dio a Gracias tal importancia, que en 1543 se convirtió en la capital de la Audiencia de los Confines, creada por Carlos I y que abarcaba toda Centroamérica. Esta decisión creó resentimiento en los centros más poblados de Guatemala y El Salvador.
En 1549, la capital de la Audiencia fue trasladada a Antigua, Guatemala y así Honduras fue gobernada por esta Audiencia hasta 1552 y después pasó a depender de la Capitanía General de Guatemala.
En 1540 se descubrió oro y plata en el valle del Río Guayape. Esto contribuyó al declive de Gracias y al ascenso de Comayagua como principal centro de Honduras. La demanda de la mano de obra aumentó, y esto aceleró la decimación de la población nativa. Como resultado de esto, fueron introducidos en el país los esclavos provenientes de África. Otros depósitos de oro fueron encontrados cerca de San Pedro Sula y el puerto de Trujillo.
La producción minera comenzó a declinar en 1560, y con ello la importancia de Honduras. A comienzos de 1569, nuevos descubrimientos de plata revivieron brevemente la economía, lo que llevó a la fundación de Tegucigalpa, que pronto comenzó a rivalizar Comayagua como la ciudad más importante de la provincia. El auge de la plata alcanzó su punto máximo en 1584, y la depresión económica regresó poco después. Esfuerzos de minería en Honduras, se vieron obstaculizados por la falta de capital, mano de obra y las dificultades del terreno. El mercurio, vital para la producción de plata, era escaso, además de la negligencia de los funcionarios.
Durante gran parte del siglo XIX, la economía hondureña trató a través del ganado y posteriormente la agricultura de impulsar su economía, pero sin resultados positivos. En la última parte de ese siglo, la actividad económica se aceleró con la explotación de los metales preciosos. Las minas más importantes se encontraban en las montañas aledañas a la capital (Tegucigalpa) las cuales eran propiedad de la de Nueva York y Honduras Rosario Mining Company (NYHRMC).
La plata fue el principal metal extraído, representando alrededor del 55 por ciento de las exportaciones en la década de 1880. Sin embargo los efectos positivos de la minería en la economía hondureña fueron muy pocos. La compañías mineras construyeron algo de infraestructura, y se redujo durante este período, restricciones monetarias en el comercio. Pero la industria minera nunca se integró de lleno en el resto de la economía hondureña. Las empresas mineras empleaban una pequeña fuerza laboral, y proveían poco o nada de ingresos al gobierno, además de trabajar con equipos de minería importados.
