Epoca Colonial de Honduras
La derrota de Lempira y la reducción de luchas rivales entre españoles contribuyó a la colonización y al aumento de la actividad económica en Honduras.
A finales de 1540, Honduras parecía encaminarse rumbo al desarrollo y la prosperidad, con el establecimiento de Gracias como capital de la Audiencia regional de Guatemala.
Sin embargo, esta decisión creó resentimiento en los centros más poblados de Guatemala y El Salvador. En 1549, la capital de la Audiencia fue trasladada a Antigua, Guatemala y así Honduras se mantuvo como una provincia dentro de la Capitanía General de Guatemala hasta 1821.
Los primeros centros mineros del país se encontraban en Gracias. En 1538 estos centros producían significantes cantidades de oro. En 1540 ello cambio con el descubrimiento de oro y plata en el valle del Río Guayape.
Esto contribuyó al declive de Gracias y al ascenso de Comayagua como principal centro de Honduras. La demanda de la mano de obra aumentó, y esto acelero la decimacion de la población nativa. Como resultado de esto, fueron introducidos en el país los esclavos provenientes de África. Otros depósitos de oro fueron encontrados cerca de San Pedro Sula y el puerto de Trujillo.
La producción minera comenzó a declinar en 1560, y con ello la importancia de Honduras. A comienzos de 1569, nuevos descubrimientos de plata revivieron brevemente la economía, lo que llevó a la fundación de Tegucigalpa, que pronto comenzó a rivalizar Comayagua como la ciudad más importante de la provincia. El auge de la plata alcanzó su punto máximo en 1584, y la depresión económica regresó poco después. Esfuerzos de minería en Honduras, se vieron obstaculizados por la falta de capital, mano de obra y las dificultades del terreno. El mercurio, vital para la producción de plata, era escaso, además de la negligencia de los funcionarios.
Uno de los grandes problemas para los gobernantes españoles de Honduras, fue la actividad de los ingleses en el norte de Honduras. Estas actividades comenzaron en el siglo XVI y continuaron hasta siglo XIX. En los primeros años, piratas europeos atacaron de forma frecuente los poblados del Caribe hondureño.
En 1643 una expedición Inglesa destruyó la ciudad de Trujillo, el principal puerto de Honduras. Además, los ingleses hicieron enormes esfuerzos para implantar colonias a partir del siglo XVII en las Islas de la Bahía y el norte de Honduras con la ayuda de los Sambos y los Misquitos quienes atacaban los asentamientos españoles.
A principios del siglo XVIII, la dinastía borbónica, vinculados a los gobernantes de Francia, sustituyeron a los Habsburgo en el trono de España. La nueva dinastía, inició una serie de reformas en todo el imperio, diseñado para hacer la administración más eficiente y rentable, y para facilitar la defensa de las colonias.
Entre estas reformas se observó una reducción en el impuesto sobre los minerales preciosos y en el costo de mercurio, que era un monopolio real. En Honduras, estas reformas contribuyeron al resurgimiento de la industria minera en la década de 1730. Bajo los Borbones, el gobierno español hizo varios esfuerzos, para recuperar el control sobre la costa del Caribe.
En 1752, fue construida la fortaleza de San Fernando de Omoa. En 1780, los españoles regresaron a Trujillo, que comenzó a desarrollarse como base de operaciones contra los asentamientos británicos hacia el este.
Durante la década de 1780, los españoles recuperaron el control sobre las Islas de la Bahía y sacaron a la mayoría de los británicos y sus aliados de la zona de Río Negro. La Convención anglo-española de 1786, dictó el reconocimiento definitivo de la soberanía española sobre la costa del Caribe.
